Первый раз ездила с туром серии всё включено, экскурсии в том числе. По факту да, экскурсии включены, но проводила их местная турфирма. Таких крупных фирм-конкурентов на ноябрь 2016 было две, прайс и расписание обеих есть на ресепшн в крупных гостиницах, можно там же и записаться, если вы их гость.
Я ездила с Янтарной мозаикой, а основной её конкурент - Янтарный край. По факту же турфирм там гораздо больше, можно даже частника с машиной найти (но тут знать надо, кого искать, конечно).

Янтарный край www.amber-region.com/
Янтарная мозаика ambertour.ru/

(у них есть как большие туры, так и однодневные автобусные экскурсии).

На Куршскую косу ездила с турфирмой Юнона, понравилось)

Экскурсию на Куршскую косу и вечернюю обзорную по городу брали прямо в гостинице (жили не там, но нагуглили и в тот же день поехали).
Вот эти товарищи: kaliningradinfo.ru/

И еще могу порекомендовать индивидуальные экскурсии на машине экскурсовода. Дороже, конечно, но совершенно другие впечатления:
gidvkaliningrade.com/

Там полно турфирм, услуги по факту почти одинаковые, так что важно лишь спланировать время, а покупать тур можно и в гостинице. Я каждый год езжу туда "дикарем", так сказать, посоветовала бы еще прогуляться по Зеленоградску, взять экскурсию "Янтарный+Балтийск" или "Замки Восточной Пруссии" - если по развалинам интересно ездить. Есть программы с ужином и костюмированным рыцарским представлением в замке Шаакен, видела еще интересную экскурсию - на кораблике по Преголе+вечер в органном зале Кафедрального собора.
За границу из Калининграда ездила с Бюро39, у них и по городу экскурсии есть.

На Куршскую косу с Юноной! Очень довольна, лучший день в Калининграде.